Uzdrowisko w swojej działalności leczniczej wykorzystuje przede wszystkim właściwości dobroczynnego mikroklimatu podziemnych komór solnych.

Bioklimat komór leczniczych cechuje wyjątkowa czystość powietrza pod względem bakteriologicznym, brak alergenów i zanieczyszczeń, stała niska temperatura (13-14.5°C), wysoka wilgotność względna (60-80 %) oraz wysoki poziom jonizacji, w szczególności jonami chloru i sodu, ale również magnezu i wapnia. Dodatkowo, Uzdrowisko, jest jedynym miejscem w Polsce, gdzie leczenie i rehabilitacja jest wzbogacana o zabiegi z wykorzystaniem naturalnej solanki, pochodzącej z wielickiego złoża solnego, znajdującego się na głębokości 255m.  

Obecnie subterraneoterapia, oprócz wykorzystania naturalnego surowca leczniczego, jakim jest mikroklimat podziemnych komór solnych, oparta jest również na aktywnej rehabilitacji układu oddechowego pod nadzorem zespołu lekarzy oraz specjalistów rehabilitacji medycznej. Głównym narzędziem wykorzystywanym przy rehabilitacji oddechowej są ćwiczenia oddechowe, oparte na nauce prawidłowego oddychania oraz ćwiczenia mięśni oddechowych i przepony.  Istotna w celu uzyskania zamierzonych celów rehabilitacji jest również edukacja prozdrowotna. 

Drugą, ważną dla lecznictwa uzdrowiskowego Wieliczki postacią, był doktor Mieczysław Skulimowski. Jako lekarz kopalniany zapoczątkował on leczenie przy wykorzystaniu dobroczynnych właściwości klimatu solnych podziemi. Dał tym sposobem podwaliny ku powstaniu nowej metody leczenia schorzeń układu oddechowego – subterraneoterapii. To właśnie doktor Mieczysław Skulimowski przyczynił się do powstania pierwszego w Polsce (drugiego na świcie) podziemnego sanatorium (1958 r.).

Od 2011 roku, decyzją ministra zdrowia, w Kopalni Soli „Wieliczka” funkcjonuje jedyne w Polsce podziemne Uzdrowisko. Proponuje ono poza programami leczniczymi również programy rekreacyjne, wpisując się tym samym w nurt turystyki uzdrowiskowej.